Beheerssubsidie is bedoeld voor het ontwikkelen en/of in stand houden van natuurwaarden door middel van beheer. De SN-Fryslân en SAN-Fryslân kennen diverse beheerspakketten. Deze pakketten beschrijven maatregelen die moeten worden uitgevoerd om een bepaald natuurdoel te halen. De hoogte van de beheerssubsidie is afhankelijk van de maatregelen uit het beheerspakket.